Der Nipigonsee (englisch Lake Nipigon; französisch Lac Nipigon) ist ein See in der kanadischen Provinz Ontario.

Er liegt rund 120 km nordöstlich der Stadt Thunder Bay. Da keiner der Großen Seen vollständig in Kanada liegt, ist der Nipigonsee mit einer Fläche von 4848 km² der größte See, der vollständig in der Provinz gelegen ist. Er hat einen sehr unregelmäßigen Uferverlauf und umfasst zahlreiche Inseln. Er wird auch oft sechster der Großen Seen genannt und gehört geologisch tatsächlich zu ihnen. Aus historischen Gründen wird er jedoch nicht zu diesen Seen gezählt.

Über den Fluss Nipigon River wird der See in den Oberen See hin entwässert und ist dessen größter Wasserlieferant. Dazwischen liegen 76 m Gefälle (bei 120 km Strecke). Im Osten grenzt die Gemeinde Greenstone an den See und zwischen Nipigon- und Oberem See liegt die Gemeinde Nipigon.

Die größten Inseln im Nipigonsee sind Caribou, Geikie, Katatota, Kelvin, Shakespeare, Murchison und Logan Island.

Nordwestlich des Sees liegt mit dem Wabakimi Provincial Park der zweitgrößte Park von Ontario.

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