Als paradoxe Reaktion wird in der Medizin die Reaktion des Körpers auf einen Wirkstoff bezeichnet, die das Gegenteil des beabsichtigten Effekts bewirkt. Beispiele sind etwa das Auftreten von Schlaflosigkeit nach der Einnahme eines Schlafmittels oder von vermehrter Angst nach der Gabe eines angstlösenden Medikaments.

Paradoxe Reaktionen sind unter anderem häufig bei von ADS/ADHS betroffenen Personen zu beobachten. Auch bei 1,2 % der Kinder, die vor diagnostischen Eingriffen den Wirkstoff Phenobarbital erhalten haben, wird eine paradoxe Reaktion beschrieben. Ebenfalls bei Benzodiazepinen können solche Reaktionen beobachtet werden. Der umgekehrte Effekt, dass nämlich eine stimulierende Substanz auch dämpfend wirken kann, wurde bei Coffein beschrieben.

Von der paradoxen Reaktion abzugrenzen sind immunologische Arzneimittelreaktionen sowie Effekte, die nach Toleranzentwicklung (vgl. Entzugssyndrom) auf bestimmte Substanzen entstehen. Auch die Erhöhung der Suizidgefahr in der Anfangsphase der Gabe von bestimmten Antidepressiva ist keine paradoxe Reaktion im eigentlichen Sinne.

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