Nagasaki ist Sitz der Präfekturverwaltung und größte Stadt der Präfektur Nagasaki mit 415.839 Einwohnern. Ursprünglich ein kleines Fischerdorf im Kreis Sonogi der Provinz Hizen wurde es durch die Ankunft der Portugiesen in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts zu einer bedeutenden Hafenstadt. Die Stadt liegt an der Südwest-Küste der drittgrößten japanischen Insel Kyūshū.

Weltweite Bekanntheit erlangte Nagasaki als Ziel des zweiten kriegerischen Kernwaffeneinsatzes am 9. August 1945.

Die Schiffbauindustrie, die Nagasaki zu wirtschaftlicher Bedeutung verhalf, ließ die Stadt zum Ziel der Amerikaner im Zweiten Weltkrieg werden: Am 9. August 1945 um 11:02 Uhr warf ein amerikanischer B-29 Bomber, die Bockscar, die Fat Man genannte Kernwaffe über der Mitsubishi-Waffenfabrik ab, als sich gerade eine Wolkenlücke auftat. Ursprüngliches Ziel waren die Schiffswerften. Obwohl die Bombe ihren geplanten Zielpunkt um mehr als 2 km verfehlte, weil der Abwurf wegen starker Bewölkung radargesteuert erfolgen musste, ebnete sie fast die Hälfte der Stadt ein und tötete etwa 36.000 der 200.000 Einwohner. Viele Menschen starben infolge der Strahlenkrankheiten (Schätzungen: 1946 ≈ 75.000, 1950 ≈ 140.000). Die Überlebenden werden als Hibakusha bezeichnet. Fat Man (20 kt TNT-Äquivalent) war nach der über Hiroshima abgeworfenen „Little Boy“ die zweite Atombombe, die über Japan explodierte.

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