Unmittelbarer Auslöser des Umkippens ist immer der drastische Abfall der Sauerstoffkonzentration im Wasser, oft auf Null („Anoxie“), der allen aeroben Organismen die Lebensgrundlage entzieht. Ursache des Sauerstoffschwunds selbst ist in der Regel eine zu hohe Biomasse, insbesondere von einzelligen Algen (Phytoplankton) im freien Wasserkörper, die im Falle ihres natürlichen Absterbens durch mikrobiellen Abbau unter Sauerstoffverbrauch dem Wasser den Sauerstoff entziehen. Die Entstehung dieser zu hohen Algenbiomasse kann ein natürlicher Vorgang sein, wird aber häufig durch vom Menschen unnatürlich verstärkte Anreicherung des Wassers mit Nährstoffen erzeugt, die für das Algenwachstum wesentlich sind, also düngende Wirkung besitzen. Dieser Vorgang wird Eutrophierung des Gewässers genannt.

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